我国医院信息化建设已有二十多年的历程，那么目前我国医院信息系统面临的挑战是什么，总结有以下七点：

一体化医院管理信息系统的建设

据卫生部信息统计中心2001年对22个省市卫生厅和6921家医院的抽样问卷调查，应用信息管理信息系统的医院已达到总数的31%。按全国县级以上的17，000家医院计算，已达5，000余所医院。但如果我们用一体化信息系统的标准，即覆盖全院的网络系统、自顶向下需求分析得到的完整功能设计、精心设计的逻辑集中的数据库结构和数据发生地一次性录入，全院共享来衡量，恐怕真正实现的不及1，000所。如果用医院信息系统建设最根本的目标：全面实现经济核算、质量控制和绩效评估等决策支持功能，能达到医院运营的低耗、优质、高效的目标，更是凤毛麟角，屈指可数。

系统的安全性

系统的安全性（7×24小时安全持续运行）是已投入运行的医院系统的生命线。系统安全性正在成为困扰医院院长和信息主管的重大问题。一方面，这说明医院信息系统确实已成为医院正常运行的基本保障系统；另一方面，由于我国的医院信息系统大多是由微机、微机网络发展而来，极少经过企业级信息系统的磨练，对系统安全性的认识和经费投入不足是一个普遍的现象。

系统安全性的实现不仅仅是个认识问题，更是一个资源问题（财力、人力、技术）。安全是花钱买来的，这同家庭为了防盗买锁，装安全门，安装电子、红外保安系统是一样的。是靠投入人力严格管理和维护的，是IT高技术支持的。一个医院的院长如果对此没有清醒的认识，为了节省有限的投资而使系统常年处于随时可能宕机、丢失数据的危险之中，那是愚蠢；一个信息主管不向院长提出完整的系统安全解决方案并且预先言明利害，那是失职。

医院信息系统安全性的设计与实现在信息系统建设的投资中会占据越来越大的比重。像美国改造每个医院的信息系统使其符合HIPAA的要求一样，中国成千上万家医院迟早会把系统的安全性保证列入需求的首要位置。