自2000年来，一些境外的HIS产品陆续进入中国内地。给国内的HIS市场吹来一股新风，同时带来了不同的医院管理理念。中外HIS的不同，除技术层面上，更多地体现在医院管理和诊疗思路上的不同。这也是境外HIS在中国内地本地化过程上的最为艰难的环节。 

境外HIS遭受到的第一个挑战就是门诊处理模式上。在国内现有的医疗体制下，社区医疗还在发展中，加之人们传统的就医心理和习惯，导致三级医院门诊量居高不下：象京、沪等地综合性三甲医院日平均门诊量都在4、5千人次以上，峰值可达万余人次。在国外，社区医疗和私人诊所比较发达，真正到医院看门诊的患者数量并不多。除急诊以外，门诊患者多采取预约的形式进行就诊。HIS体现上有着预约功能模块，这里的预约模块不仅仅体现在对就诊医生的预约，而且包括了其他资源的预约比如各项检查和理疗，患者在约定的时间到达医院后能够立刻就诊和接受检查和治疗，从而有效地解除了“三长一短”问题。国内HIS中虽然有医生排班计划和在RIS管理具有排序功能，但缺乏精细的时间定量计划。

此外，国内门诊登记挂号模块的患者基本信息内容简明扼要，主要是出于门诊处理速度上的考虑，十几秒就能够完成一次挂号操作，但这样做造成患者信息资料的不全面，而且很难保证患者ID的唯一性，不利于以后精确的分析统计。国外HIS对患者基本信息内容丰富，还包括了很多身份属性的定义，与保险类型的定义，家庭医生，宗教信仰，教育水平等内容信息。而且ID保持终身唯一，保证病人资料的完整统一性。

国内外的HIS都有比较完善的医嘱通讯系统。在医嘱类型上，国内医嘱类型分为长期医嘱、临时医嘱，其中临时医嘱中包括了即刻医嘱。在HIS中也沿袭传统的模式，并按此打印相关的单据。国外医嘱类型分为：重复医嘱、正常医嘱（normal）、即刻医嘱(stat)。重复医嘱相当于长期医嘱，此类医嘱系统每日重复滚动出现直至停止。正常医嘱相当于临时医嘱和有明确疗程界定的长期医嘱，此类长期医嘱在疗程结束时不再出现，视为自动停止，护士不再执行。即刻医嘱之所以独立出来，系统需要有个显著的标识已明确医嘱执行人的责任。目前，很难说那种处理模式更具有优势，只能说处于不同的管理模式下的处理习惯不同而已。

电子病历是整个HIS中“含金量”最高的部分。国内HIS产品虽号称已具有电子病历，为医生录入上提供了模版等便捷的方式，但实现形式上多为文本格式。还不能称之为真正意义上的电子病历。在国外HIS构建上多采用以问题为中心的病历描述格式,即SOAP形式。在病程事件描述上分为主观查体（Subjective finding）、客观查体（Objective finding）、评估(Assess)、计划（Plan）,采取了数据结构化和自然语的录入方式，这样为今后的科研、查询统计打下了基础。在电子病历中除了调阅检验报告、影像资料外，还可以录音，进行图像扫描等，这样大大地丰富了电子病历的内涵。同时，在电子病例中具有初步的专家智能系统，提供了临床决策支持。在关键词和医疗数据标准化程度高，使用的是国际系统医学术语（SNOMED）。然而，这些功能在国内还不能很好的应用，主要医政管理上的限制，此外，SNOMED中文版翻译质量欠佳，缺乏相关单位的认可，在实际运行中还有很多困难。