为提升台湾医疗产业竞争力，马英九与1月19日表示，责成台“卫生署”研拟，将民众医疗保健支出，由目前的6.79%提升至7.5%，估计岛内医疗保健支出可增加1300亿元以上。 

据报道，业界指出，目前台湾医疗保健支出约8900亿元，一旦提高到7.5%，可增加约1300亿元以上，但比起欧美地区的16%左右，还有很大的发展空间；建议台当局将医疗支出从预防医学、长期及远距照护等方向着手。

业界也建议，应加速两岸医药卫生合作协议的架构下，尽速推动生技产业临床试验协议，并希望台当局尽速检视目前台湾生技产业，具有竞争力的标的，推进全球及大陆市场。

马英九表示，两岸已签订“知识产权保护合作协议”，再配合“两岸医药卫生合作协议”，未来两岸的医药产业合作，可望在知识产权获得保障的情况下有实质进展。