卫生部部长陈竺在3月22日召开的全国新农合和农村卫生服务工作会议上表示，农村居民全民医保的目标已经实现，新农合制度及其管理运行机制初步建成，“十二五”期间，新农合制度要更加注重内涵建设，提升质量，实现参合农民从“有保障”到有“更好的保障”的转变;在新农合支付方式上，逐步建立起乡村门诊以总额预付为主，住院费用采取总额预付、按病种、按床日等支付方式为主的预付费制度。

陈竺指出，新农合经过10年的建设和发展，使参合农民一般性疾病住院医药费用负担得到一定缓解，但门诊医药费用自付比例仍较高，“小病拖成大病”的问题仍较为普遍，一些重大疾病个人自付医药费用比例仍较高。

陈竺表示，2012年新农合要在提高重大疾病医疗保障水平、推动支付方式改革、推进商业保险机构经办服务、信息化建设、争取新农合立法5个方面取得突破。

卫生部将陆续完善各病种的临床路径，各地要合理测算病种费用，与按病种定额(限额)付费同步实施，使重大疾病的实际个人自付比例不高于30%。选择部分地区开展支付方式改革试点，初步实现试点地区统筹区域内全部医疗机构的全病种覆盖。东部地区力争使10%的统筹地区实现委托商业保险机构经办。国家级新农合管理信息平台要力争与1/3以上省级平台实现互联互通，省级新农合管理信息平台要尽快实现与统筹地区系统的互联互通。加快新农合立法进度。