由于HIS是利用计算机软硬件技术、数据库技术、网络通讯技术等现代化的科技手段对医院进行管理，所以他不可能，也不应该简单地模拟医院传统的手工管理方法，而是应该根据医院现代化的管理模式，采用科学化、规范化、标准化的新理念进行设计开发，不能“穿新鞋走老路”，用现代化技术手段包装传统的管理模式。

医院管理信息主体：人、财、物、医疗

医院是一个信息密集的场所，医院的每个业务环节也依赖和需要各种各样的信息。这些信息包括患者医疗信息，费用信息，药品物资信息，人员信息，经济管理信息等等。一般来说，人们将医院管理分成四条线索，即“人、财、物、医疗”四条线索。其中“人”包括医院职工和患者信息；“财”包括资金、资产、费用等信息；“物”包括药品、消耗材料信息；“医疗”包括临床资料、病案、辅助医疗等信息。这四条线索信息构成了医院管理的信息主体。与此相对应医院信息系统的三个横向系统便是：业务信息系统、管理信息系统、分析决策支持系统。这三个系统从下到上构成了医院信息系统的金字塔。

最底层的是业务信息系统，主要针对医院各业务环节与医疗业务相关的工作，记录诊疗活动，药品物资流动，发生的费用等信息，主要用户是各科室的工作人员，目标是为用户提供信息的记录和传递工具以及完成业务工作所需要的功能。包括医院日常挂号系统，计费系统，药品入出库系统，医生工作站系统，护士工作站系统，检验系统等。这些功能既是用户日常工作的工具，也是整个信息系统原始信息的采集点。

第二层是管理信息系统，它主要针对医院各个方面的管理工作， 通过对原始信息的汇总统计，如反映患者入出转的患者流动统计，医疗数质量统计，医疗收入统计等，从而提供反映医院各方面运行状况的报表。这些功能是从医院管理角度应用信息系统获得的最直接好处。管理信息系统的主要用户是医院的中层管理人员。

第三层是分析决策信息系统，它主要针对医院管理中特定的策略性问题，通过对原始数据和中间统计结果的深层次分析，为高层管理人员掌握医院的总体运行状况，发展趋势，存在问题提供信息服务。这类功能是医院信息系统从管理角度提出的较高层次的发展。

医卫软件受重视，不同地区有差别

2004年以前，国内医院HIS建设费用主要在硬件投资上。硬件设备大约占总投资的近70%。医院HIS建设硬件环境使用微机服务器、NT操作系统和数据库。随着医卫行业应用水平的提高和深化，2004年以后，计世资讯（CCW Research）研究报告显示，医卫行业软件和服务的投资比重在逐年增加，硬件的投资比重在逐年减少，医卫行业多年来的“重硬轻软”现象有所缓解，软硬件比重配比逐渐趋于合理。

在不同的地区，HIS所获得的重视程度、投资力度以及推近难度等都有较大的差别。相关资料统计，国内HIS发展比较好的地区依次是华东、华南、华北、华中、西南、东北地区，较落后的是西北地区。