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助力25000名研究人员推动生物医学发展!Terra云平台迎来NVIDIA Clara
  • 2022-09-21 16:58
  • 作者:佚名
  • 来源:HC3i

伴随人类医疗健康需求的不断攀升,如何能够从更深层面探索疾病发生从而实现更高质高效的预防和诊疗,成为当前医疗行业所追求的目标。此过程中,生命科学领域的突破和发展成为推动人类医疗能力前行的重要环节。NVDIA与博德研究所的强强联合为生物医学研究领域带来重大突破的同时,也为生命科学领域的数字化进程按下了”加速键“!

美国加利福尼亚州圣克拉拉—GTC—太平洋时间2022年9月20日—NVIDIA于今日宣布与麻省理工学院和哈佛大学旗下的博德研究所(The Broad Institute)合作,为Terra云平台提供快速分析海量医疗数据所需的AI和加速工具。这将惠及该平台的25000多名用户,这些用户包括来自学术界、初创企业和大型制药公司的生物医学研究人员。

据了解,此次合作旨在将NVIDIA在AI领域的专长和医疗计算平台与博德研究所的全球知名研究人员、科学家和开放平台建立连接,重点关注三大关键领域:

  • 在Terra平台上提供NVIDIA Clara™Parabricks®:Parabricks是一款用于测序数据二级分析的GPU加速软件套件,现可用于六个新的Terra工作流程。用户现在可以使用Clara Parabricks,在一个多小时内完成全基因组的分析,而在基于CPU的环境中这项工作需要24个小时才能完成,并且,使用Parabricks计算成本降低一半以上。
  • 构建大型语言模型(LLM):为深入探究人类生物学,研究人员将使用今日发布的用于生物学LLM模型的AI应用框架——NVIDIA BioNeMo,来开发DNA和RNA(生命的“基础构件”)的基础模型。
  • 为基因组分析工具包(GATK)带来更加强大的深度学习:NVIDIA正致力于为10多万名研究人员所使用的行业标准工具——博德研究所的GATK工具包打造新的深度学习模型,帮助研究人员识别与疾病相关的基因变异。这将助力新药研发人员研究新的疗法。

NVIDIA医疗业务副总裁Kimberly Powell表示:“整个医疗生态系统都需要更先进的计算工具,以便我们在理解疾病、发展诊断学和提供治疗方案的方面取得突破。通过扩大与博德研究所的合作,我们可以发挥大型语言模型的力量,最终提供联合解决方案,让研究人员的深入洞察能够真正地造福患者。”

博德研究所希望通过提供一个开放的云平台,将研究人员相互联系起来,并将研究人员与其实现科学突破所需的数据集和工具连接起来,从而实现新一代生物医学合作研究。

博德研究所首席数据官Anthony Philippakis表示:“生命科学领域正处于一场数据革命之中,研究人员迫切需要一种将机器学习引入生物医学的新方法。我们希望通过此次合作,进一步践行‘数据共享与合作流程’的使命,进而扩展基因组学研究。”

用于疾病研究的大型语言模型

NVIDIA的BioNeMo框架包含蛋白质和化学领域的预训练LLM模型,可简化训练、推理和扩展。BioNeMo是NVIDIA NeMo Megatron框架针对化学、蛋白质和DNA/RNA序列领域的扩展。

通过BioNeMo,开发者能够有效地训练和部署具有数十亿参数的生物学LLM模型。

双方团队将基于此次合作,共同创建新的模型,将其添加至BioNeMo集合中,并在Terra平台上提供。

用于特定领域AI的NVIDIA软件

NVIDIA Parabricks GPU加速的工作流程为研究人员提供更快的周转时间和更低的成本,以进行广泛的基因组数据分析。在博德研究所的GATK最佳实践——生殖细胞突变检测分析流程中,Parabricks在GPU上进行分析的速度提高了24倍,而成本减半。

博德研究所的研究人员还能够访问用于医学影像AI的开源深度学习框架——MONAI以及用于加快数据准备工作的GPU加速数据科学工具包——NVIDIA RAPIDS™。后者可用于基因组单细胞分析。

* 观看NVIDIA创始人兼首席执行官黄仁勋的GTC主题演讲,进一步了解NVIDIA与博得研究所的合作。

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标签:英伟达  AI  NVIDIA  
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