其中，新设立的海南省医疗保障管理局合并的有关职能包括：省人力资源和社会保障厅承担的全省城镇从业人员基本医疗保险管理、城镇居民基本医疗保险管理、生育保险管理和相关基金监管等职责；省卫生和计划生育委员会承担的新型农村合作医疗管理和相关基金监管，药品、医疗器械和医用耗材采购管理以及疾病应急救助管理等职责；省民政厅承担的城乡居民医疗救助管理职责；省物价局承担的医疗服务价格制定和调整职责。

据海南省机构编制委员会文件显示，海南省医疗保障管理局主要职责包括：贯彻执行国家有关医疗保险、生育保险、医疗救助的法律法规和政策规定，研究拟订海南省医疗保障相关政策、规划、标准、办法并组织实施；负责监督全省医疗保障基金征缴(拨付)、支付、管理和运营；负责指导全省医疗服务价格管理；按管理权限，承担医疗服务价格的制定和调整；负责指导、监督全省医疗保障支付标准谈判和调整以及药品、医疗器械和医用耗材的联合采购、配送和结算管理；负责监督定点医疗机构服务行为，稽查稽核医疗费用；负责推进全省医疗保障信息系统的规划和建设工作等。

同时，海南省医疗保障管理局将内设综合处、医保基金管理处、医疗服务价格处、药械采购配送监管处4个处级机构。核定行政编制18名，从省人社厅连人带编划转7名、省卫计委6名、省物价局1名、省民政厅1名，另新增3名。其中局长1名，内设机构处级领导职数8名。