由北京市计算中心开发的“计算机辅助药物筛选平台”，近日正式开放。该平台运用虚拟药物筛选技术，提供蛋白质靶向小分子化合物的筛选和优化服务，有望使该类药物的早期研发时间缩短一半。

“这是我国第一家商业化的虚拟药物筛选平台，可以通过互联网向国内外药物研发科研院所和企业提供远程服务。”主持平台研发的北京市“海聚工程”人才赵勇博士告诉记者。

赵勇介绍，小分子化合物类药物是现代药物大家庭中占比最大的一类。通过和人体内导致疾病的蛋白质发生作用来发挥疗效。“蛋白质的三维结构就像一套房子一样有不同的‘房间’，如果导致疾病的‘房间’被小分子化合物堵住，它的功能就停止，疾病就得到治疗”。

“利用这一特性，我们可以在计算机中建立小分子化合物和蛋白质的三维模型，并利用相关软件进行二者的模拟对接，最终筛选出可能调节蛋白质功能的小分子化合物。”赵勇说，这样就可以把药物筛选工作交给计算机来做。

赵勇告诉记者，“计算机辅助药物筛选平台”依托运算能力达每秒200万亿次的超算集群，10万个小分子化合物和一种蛋白质上某个“房间”的对接工作最快1个小时便可完成，费用也只有5000元左右。“传统实验筛选的命中率只有十万分之一到万分之一，虚拟药物筛选的命中率在2%在40%之间，是实验筛选命中率200倍以上”。

赵勇说，早期药物研发一般需要三到五年时间，借助虚拟筛选平台有望缩短到两年以内。