7月1日，中国社会科学院劳动与社会保障研究中心发布《中国社会保障发展报告(2013)》。报告指出，医疗卫生机构补偿机制建设是新医改中的重要内容，我国基层医疗卫生机构补偿机制建设仍待加强。

国务院办公厅先后发布了《关于建立健全基层医疗卫生机构补偿机制的意见》、《关于巩固完善基本药物制度和基层运行新机制的意见》两个文件，并启动了基层医疗卫生机构债务清理化解工作。报告认为，能否成功调整并完善医疗卫生机构的补偿机制，是检验新医改在触动利益格局方面是否具有成效的关键点，也是判断新医改本身是否具有可持续性、是否真正取得了制度性成果的核心依据。

报告指出，2008年~2011年，全国乡镇卫生院收入和支出规模虽然逐年增大，但是收支结余减少，从2008年的37.58亿元下降到2011年的25.26亿元。根据全国财务决算资料提供的数据，2011年全国乡镇卫生院药品收入为446.24亿元，比2010年下降15.09%，药品收入占总收入比重从上年的39.01%下降为2011年的30.14%。

在药品收入下降的同时，2008年~2011年，全国乡镇卫生院财政补助收入占总收入的比重从17.78%提高到38.71%。三年全国乡镇卫生院财政补助总额从171.48亿元上升到573.17亿元，增长了2.34倍，年平均增长49.52%。基本公共卫生服务补助收入已经成为乡镇卫生院的主要筹资来源之一。

报告还指出，2011年全国乡镇卫生院医疗收入下降，且门诊和住院收入出现“双下降”。各地普遍实施了一般诊疗费，但一般诊疗费占医疗收入的比重较低。说明一般诊疗费尚未成为机构医疗收入的主要来源，其政策效果尚未显现。

与此同时，医保补偿成为社区卫生服务中心和乡镇卫生院的主要补偿渠道之一。2011年，在全国乡镇卫生院医疗收入总额中，城镇职工医疗保险补偿占5.78%，城镇居民医疗保险补偿占2.88%，新农合医疗保险补偿占41.71%。