由于我国对制药机械创新研发认识的重要性不足，导致了长期缺乏投入，致使整个行业基础差、底子薄、实力弱。特别是随着我国制药工业水平的提高，制药机械工艺水平落后于制剂生产需求的瓶颈现象日益显现。

现阶段由于市场集中度较低，行业还处于民营企业大举介入和外资企业加紧布局的自由竞争状态，中小企业的无序竞争态势对行业发展极为不利。虽然经过今年来的改进，行业有了长足的进步，但是与当前市场需求及国外水平相比，仍有不小差距。特别是高档产品差距较大，各类产品性能指标大体相当于国外20世纪80年代水平。质量不稳定，早期故障率高，可靠性差，是产品的致命弱点。

行业专家指出：“从行业整体情况来看，2012年我国制药机械业的行业景气指数下降，落入“浅蓝灯区”。其中生产合成指数、出口总额、利润总额和产品销售收入几个指标已经落入“蓝灯区”。

预计2013年，我国制药机械装备制造业总体形势依然严峻，充满挑战。我国高端制造领域研发投入不足，技术储备不够，跟不上国内外市场变化速度，影响了大型企业的产业结构调整和发展;行业内中小型企业人才紧缺问题突出，研发力量薄弱和缺少高技术工人队伍，已成为制约我国装备制造业发展的“瓶颈”。我国产品质量和可靠性一直是制药机械行业发展中的一大硬伤，也是必须解决的问题。我国药机设备行业今后要提升产品的可靠性、适用性和性能。事实上在某些产品领域，我国自主研发的产品在性能和功能方面已经达到国际水平，但是在可靠性和适应性方面就略逊一筹。这也是我国药机设备行业未来发展应解决的一大瓶颈，才能使国产设备更具有国际市场竞争力。