继西部大开发之后，援疆工作一直没有间断。9月18日，2012年全国卫生系统对口支援新疆工作座谈会在新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市召开。卫生部扶贫开发与对口支援工作领导小组组长、卫生部党组书记、副部长张茅在会上介绍，截至目前，各对口支援省（市）“十二五”卫生援疆专项规划基本确定，规划总投入46亿元，支持项目257个，主要涵盖医疗卫生机构基础设施建设、医疗设备购置、卫生人才培养、卫生信息化建设等方面。

张茅介绍，新一轮卫生援疆工作分三阶段推进。第一阶段是打基础，到2012年，初步在新疆建立起覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度；第二阶段是上水平，到2015年，新疆医疗卫生机构基础设施明显改善，卫生专业技术人员素质得到提高，医疗卫生服务能力明显增强，居民主要健康指标达到西部地区中上水平；第三阶段是大发展，到2020年，基本建立覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，实现新疆医疗卫生事业跨越式发展。

张茅指出，目前，卫生援疆“打基础”工作任务已较好完成，今后一段时间要围绕第二阶段“上水平”目标，与深化医改紧密结合，进一步健全医疗卫生服务体系。“十二五”期间，力争实现全疆基层医疗卫生机构标准化建设达标率达到95%以上，使全疆每万名城市居民拥有2名以上全科医生，每个乡镇卫生院都有全科医生；人均基本公共卫生服务经费标准达到40元以上，城乡居民健康档案规范化电子建档率达到75%以上，在全疆形成统一指挥、布局合理的突发公共事件卫生应急体系。

据介绍，自2010年至今年6月底，各对口支援省（市）卫生厅（局）共派出援疆干部和卫生技术人员900余人，接收新疆管理干部挂职锻炼和卫生人员进修培训2000余人，开展专题培训5万余人次。自2011年至今，中央专项投资76.9亿元，重点支持新疆维吾尔自治区和新疆生产建设兵团推进深化医改等各项重点工作。协调安排资金近9000万元应对新疆脊髓灰质炎输入性疫情。