随着医改的顺利推进和成效的初步显现，改革逐步进入“深水区”，加快公立医院改革成为“十二五”深化医改的重要任务。取消“以药补医”机制，推进医药分开，是确保公立医院回归公益性，进一步缓解看病难、看病贵问题的关键环节。卫生部部长陈竺在5月1日出版的《求是》杂志指出，当前是取消“以药补医”机制的有利时机。

“以药补医”机制，是我国公立医疗机构以药品加成政策为基础而形成的一项经济补偿机制。自1954年开始，我国对公立医疗机构用药实行顺加15%的差价率作价的政策。改革开放以后，公立医疗机构对药品加成的依赖逐步增强。一方面，多年来政府对卫生事业投入相对不足，2008年财政直接补助收入只占公立医院收入的7%。另一方面，体现医务人员技术劳务价值的医疗服务价格长期低于成本，且未能随着经济社会发展的实际需要进行动态调整。药品加成政策一定程度上刺激了公立医院和医务人员多用药、用高价药，加之医疗服务具有高度专业性、医患之间信息不对称等特点，药品加成政策逐步演化为“以药补医”机制。2009年中共中央、国务院发布的《关于深化医药卫生体制改革的意见》和国务院发布的《医药卫生体制改革近期重点实施方案(2009—2011年)》明确提出：推进医药分开，逐步取消药品加成，不得接受药品折扣。医院由此减少的收入或形成的亏损通过增设药事服务费、调整部分技术服务收费标准和增加政府投入等途径解决;2011年卫生部等有关部门发布的《关于公立医院改革试点的指导意见》等有关文件进一步明确了取消“以药补医”的政策要求和实施路径;2012年3月国务院印发的《“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划暨实施方案》提出：以破除“以药补医”机制为关键环节，推进医药分开，逐步取消药品加成政策，将公立医院补偿由服务收费、药品加成收入和财政补助三个渠道改为服务收费和财政补助两个渠道。取消公立医院“以药补医”机制，涉及医院、患者、医保机构以及药品生产流通企业等多方利益调整，涉及公共卫生服务体系、医疗服务体系、医疗保障体系、药品供应保障体系的建设，关系到医改全局，任务十分艰巨复杂。为此，我们必须全面落实国务院“十二五”医改规划，强化顶层设计和总体制度、政策安排，同时总结经验，坚定信心，统筹推进，力争早日取得成效。要按照中央关于公立医院改革的总体部署和坚持公立医院公益性质的要求，以县级公立医院为重点，以减少群众医药费用负担为基本原则，以建立综合补偿机制为主要内容，取消公立医院“以药补医”机制。医院减少的收入主要通过调整部分技术服务收费标准和增加政府投入等途径予以补偿，并将医保资金作为公立医院主要收入来源，实现医院可持续发展。实施以取消“以药补医”机制为抓手的县级公立医院改革，要在2012年实现300个左右的试点县先行推开，2015年实现县级公立医院改革阶段性目标，全面推动城市公立医院改革。

取消“以药补医”机制，必须在政府的统一领导下，加强部门间和政策间的衔接，抓住以下几个关键环节。一是以县级医院作为改革突破口。二是合理调整医疗服务价格。三是大力推进支付方式改革。四是继续加大政府投入力度。五是注重调动医务人员积极性。六是强化行业监管。七是统筹推进各项综合改革。取消“以药补医”机制是一项综合、复杂、艰巨的工作，必须统筹推进。要把增强对农民健康的风险保护作为巩固完善新农合制度的突出重点，建立稳定的重特大疾病保障机制。