4月23日，卫生部公布2012年部门预算。2012年，卫生部收支总预算8019536.97万元，比2011年增加1331725.63万元。部门预算中，财政拨款用于以下方面：外交类支出占5.04%;教育类支出占2.76%;科学技术类支出占31.79%;社会保障和就业类支出占5.97%;医疗卫生类支出占38.07%。

卫生部称，2012年收支预算增加的主要原因包括：中央财政大幅加大教育单位支持力度，教育类预算增加23616.46万元;根据科技重大专项和卫生行业科研等研究工作需要，科研类预算增加172639.78万元;因为中央财政继续加大对医疗卫生的投入和医疗服务量的增加，医疗卫生类预算增加1098936.76万元;因人员增加和计算基数提高，住房改革支出类预算增加42129.64万元。

2012 年，卫生部公共预算收入(主要为财政拨款和事业收入)8019536.97万元，公共预算支出7966112.4万元。医疗卫生(类)公立医院(款)财政拨款预算数为326111.26万元，比2011年财政拨款执行数增加46827.42万元，增长16.77%，主要原因是：按照医改投入政策，中央财政加大对公立医院临床重点专科建设的支持力度。医疗卫生(类)公立医院(款)是指卫生部所属医院开展医疗业务活动等方面支出。