虽然我国医疗信息化起步不晚，但供应商数量众多、鱼龙混杂的现实仍不可回避。

一直以来，国内医疗信息化市场活跃着为数众多、规模不等的系统供应商。其中，硬件系统供应商相对集中，而软件系统供应商则比较分散。所提供的产品在价格、系统可靠性等方面存在差别明显。

在医改实施之前，多数企业都是艰难度日。由于在国内存在着大量规模不等的中小软件企业，他们推出的医疗信息化产品功能简单实用，价格比较低廉，使得很多实力强大的企业难以做大、做强。

以著名的方正众邦为例，作为方正在急速扩张期中出现的公司，其虽然得到了北大系统多家医院的支持，但却在低价格和高要求的双头夹击下近乎夭折。虽然后来方正众邦得到了北大方正集团的大力注资，但其用户仍被其他厂家蚕食，该公司走向了没落，虽后来经历过整合，但客户依然不多。

而方正众邦的尴尬正显现出我国医疗信息化长期存在的难题。目前，全国有几百家专业从事医疗信息化的IT厂商选择偏安一隅，有很多不知名的公司在区域市场颇有建树，但业务面向全国的公司却难有作为。国内医疗行业和其他行业的一大区别是区域特点特别明显，真正在全国做得好的公司很少。

不过，随着新医改的启动，让很多公司看到了希望。天健医疗总裁姜跃滨就指出：“现在的机会比以前多得多，不仅总体投入规模大了，与以前类似的项目，回报也更大。”

虽然大家都看好这一市场，但并没有很多企业大规模地进军外地市场，或者大规模地推动并购。显然，医疗信息化明显的地域性使各公司在IT技术上的优势很大程度上被削弱。如英特尔、微软、IBM等公司，虽然大规模地进军中国市场，但并没有取得应有的进展。业内人士指出：“很多公司在个别地方的个别医院试点很成功，也这不一定意味着在进行复制时就会同样成功，毕竟，各个地区的情况不同。想要简单的拷贝，却并没那么容易。”