阿鲁科尔沁旗合管办高度重视信息化建设，信息化管理系统从2007年开始启动，目前已实现了旗合管办、定点医疗机构、乡镇合管办三级联网，初步实现了“管理科学、操作规范、监督有力、补助便捷”的目标。

这个旗全面启动合作医疗信息管理系统，实现了网络资源共享，通过日常事务子系统、综合查询子系统、系统维护子系统三大模块，对合作医疗整个流程进行信息化管理，实现了合作医疗管理系统与部分定点医院管理系统对接；在旗合管办“一站式”服务大厅，设立了查询平台，参合农牧民可通过触摸式网络平台，随时查询就医及报销情况，了解相关年度合作医疗政策，及时向旗合管办反映就医过程中存在的问题。阿旗合管办通过合作医疗网络系统实时监控定点医疗机构诊疗服务行为，实时从网上审查参合患者住院资料、用药情况、费用清单、住院补助等，发现有违规现象立即责令定点医疗机构进行改正，变事后监督为事前防范和事中监督。同时，参合农民报销时补偿费用由计算机自动生成，有效堵住传统方式的漏洞，使资金的管理、使用、审核、报销等，杜绝了暗箱操作的行为，增强了工作透明度，阿旗合管办还通过合作医疗网站平台及时发布有关信息，对医疗服务质量有关指标进行统计分析，为政府科学决策提供及时、准确的依据，信息化建设让阿旗新型农村合作医疗步入了健康的发展轨道。