今年1月10日起，湖南省在36个县（市、区）基层医疗机构首批实施基本药物制度，实行零差率销售。此举在一定程度上减轻了群众的就医负担，给患者带来了实实在在的好处。但是，这一制度在实施过程中也暴露出一些问题，尤其是对乡镇卫生院发展带来了一些不利影响，主要表现在以下几个方面：
    规定药品难以满足乡镇卫生院的临床用药需求，一些常用且必不可少的药物未进入基本药物目录，如维生素B12、维生素B1、维生素B6、维生素C片以及感康片、人丹、十滴水、清凉油等都未进入目录。而部分进入目录的基本药物档次低、疗效差、副作用大。
    消化道大出血、有机磷农药中毒、高危孕产妇大出血等急症在农村常见，但抢救这些急症的首选药物奥美拉唑针剂，长托宁注射液，溶栓和抗凝药物尿激酶，缩宫止血药物米索前列醇、欣母沛和卡孕栓等，基本药物中都没有。由于治疗药物不够，病情稍重的患者都往县级以上医院挤，导致基层医疗机构住院病人数明显下降，而大医院人满为患，进一步加剧了看病难、看病贵。据不完全统计，宁乡县乡镇卫生院今年1—5月住院病人数下降了10％左右。
    此外，大部分基层医疗机构过去主要靠药品加成利润维持正常运转，基本药物制度实施以后，基层医疗机构收入锐减，而财政补助政策还不完善，补助数额少，拨付不及时，导致基层医疗机构步履维艰。新医改推行后，基层医疗机构实行绩效工资制，但由于配套的绩效考核机制跟进滞后，工资的正面激励作用不明显，医务人员的工作积极性有所下降。
    为保障新医改政策的顺利推进，促进农村卫生事业的发展，建议实行国家基本药物动态调整管理，将每3年调整一次改为每2年调整一次，在广泛征求各方意见的基础上，科学增加基本药物品种。对基层医疗机构进行一次评估，分级保障药品供应，对具备“一甲”“二乙”水平的卫生院适当增加一些药品，同时确保专科专病用药，不搞一刀切。在综合考虑历史债务、基本药物制度实施前的药品加成利润、基层医疗机构正常运转需要等因素的基础上，合理确定各级财政的补偿比例，并保证及时足额支付到位。