为保障基层医药卫生体制综合改革顺利进行，内蒙古自治区财政部门积极探索，建立健全机制，多渠道补偿基层医疗卫生机构。

一是对基层医疗卫生机构提供的基本医疗服务，通过城镇职工基本医疗保险基金、城镇居民医疗保险基金、新型农村牧区合作医疗基金和个人付费进行补偿；基本公共卫生服务，通过城乡基本公共卫生服务经费进行补偿；突发公共卫生事件处置任务由政府按照服务成本核定补偿。

二是提高基层医疗卫生机构就医诊疗报销比例，引导城乡居民在基层医疗卫生机构就医。

三是政府举办的苏木乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构的人员经费和业务经费等运行成本，通过服务收费和政府补助进行补偿。

四是对一体化管理的嘎查村卫生室承担的基本公共卫生服务和药品零差率，按每千个农牧业户籍人口每年8000元的标准给予补助。

此外，基层医疗卫生机构实施绩效工资后，自治区财政按每人每年3600元的标准予以补助。