农村人口庞大，所需要的医疗服务也非常的多，农村合作医疗制度就是专门为农村而设计的医疗模式。

作为以人为本、建设社会主义和谐社会的重要举措之一的新型农村合作医疗制度，解决广大农村人民群众“看病贵”、“看病难”的问题上起到了十分重要的作用，得到了社会方方面面的赞誉与认可。然而，在取得显著成效的同时，其中所存在的问题也是不容忽视的。其主要表现为以 下几方面：

一、体制不建全

1、管理机构主、客一体，弊病很多。目前，各级新型农村合作医疗管理委员会的主体是同级的一些相关部门，监督委员会同样也是这其中的一些部门，这就形成了服务者与监督者一体化，裁判员又当运动员，这对新型农村合作医疗制度的实施是非常不利的。

2、乡镇新型农村合作医疗办公室（以下简称：乡镇合管办）机构、人员编制落实有困难，导致业务人员变动快、流动性大，出现工作前后衔接脱接。

3、长期生病卧床的参合慢性病人享受不到新农合的真正优惠。在农村，有许多因慢性疾病，如尿毒症、高血压、心脏病、结核病等，由于治疗时间较长、费用高，仅凭现行的门诊补偿方案，解决不了部分农民的医疗费用问题，因病致贫、因病返贫隐患较大。

二、机制不完善

1、筹资机制不健全。资金筹集是新型农村合作医疗制度落实的基础。到目前，筹资基本都是以乡镇政府组织、村（居）具体落实为主的筹资办法。但因县、乡镇对筹资工作无法提供必要的筹资工作经费，村（居）的筹资积极性不够高，筹资效果不太理想。

2、对定点医疗机构监管机制不健全。由于定点医疗机构数量多、分布广，加之县、乡镇新型农村合作医疗办公室（以下简称：县、乡镇合管办）人手少、力量不足，同时新型农村合作医疗的审核业务又未实行计算机联网，医疗机构在医疗服务费、医药费上直接或变相提高价格或超标准用药损害住院参合农民利益，特别对县外定点医院更是无法监督管理。尽管合作医疗的各种管理规定在不同程度上约束了医疗机构的行为，但合作医疗管理规则受到了医疗机构“对策”的挑战，部分医疗机构出于经济利益的考虑，想尽办法使自身利益最大限度的实现，采取了一些对策，一些医疗机构存在着不规范的医疗行为，影响到合作医疗资金的使用效果和效率。

3、保障机制不健全。由于乡镇一级政府无支配财政资金的权利，县财政又不能给乡镇合管办预算管理经费和日常工作经费，导致乡镇合疗办经费紧张，日常办公支出、人员培训、宣传工作、旅差费等无保障，也导致了很多工作不能按照计划正常开展，特别是下村入户监管工作。

4、管理技术力量薄弱。部分合作医疗管理负责人缺乏管理工作经验、业务人员业务水平不高，他们只能承担简单的、重复性的日常管理工作和业务工作，在管理、监督、信息分析等方面的能力较差，开展工作是凭经验，通过“试错”来积累经验。这不仅增加了管理成本，也影响到合作医疗工作的正常运行。  
 
三、能力建设较薄弱

1、基层定点医疗机构服务能力薄弱，新型农村合作医疗制度启动以后，乡镇卫生院住院病人大幅度增加，与乡镇卫生院医护人员严重紧缺且技术实力差的矛盾日益突显。

2、新型农村合作医疗管理机构人员紧张、管理能力薄弱。县、乡合管办面对全县庞大的服务群体，现有工作人员勉强应付日常审核工作，而对全县各定点医疗机构的监督工作就显得心有余而力不足了。乡镇合管办工作人员偏少且兼职多，队伍稳定性、工作连续性和效率均较差。

3、信息化建设滞后，影响工作准确性和效率。由于目前新农合管理工作尚未实现信息化，加之工作量较大而人员较少，监管中存在一定难度。未建立起联网的新农合信息库，无法进行参合人员信息的网上查询，异地就诊费用审核的准确性难以保证，各级经办与定点医院之间未实现计算机联网，无法实行网上审批和实时监控等。

4、合作医疗管理缺乏科学性，缺乏网络化、信息化管理设施设备。涉及千家万户、几十万人口的各种数据、资料十分复杂，报帐过程中数以万计的各类票据只能靠手工操作处理，工作量大，容易出错，更重要的是不能及时地监督各定点医疗机构的运行，及时发现和纠正问题，造成事后监督的效率不高。