基层医疗面向普通大众，市场非常广阔，有很大的上升空间。

基层医疗信息化的市场虽然值得期待，但在广大基层包括农村医疗机构由于受到使用环境、技术、人才等方面原因的制约，医疗信息化发展仍处在探索或起步阶段。

IBM中国区政府与公众事业四部总经理刘洪就表示，在基层医疗信息化进程中难度最大的问题就是当地的网络质量、配套设施及人才水平。刘洪认为，由于基层医疗机构在组织信息化方面的基础薄弱，没有明确的承载信息化的实体，投入、管理、职能规范、绩效考核等方面的长期缺失以及缺乏信息化环境来推动，更容易造成“数字化鸿沟”，这些都成了当前推动基层医疗信息化的瓶颈。

在安徽省推行“农医通”试点之前的摸底显示，2006年全省也只有不到5%的乡镇卫生院使用基本的医院信息系统，而这5%还普遍存在设备陈旧、软件落后、资金和技术维护人员短缺等问题。

还有一个重要的瓶颈则表现在IT服务商对基层市场的迟疑，很多IT服务商认为，基层医疗市场尤其是农村市场的底子过于薄弱，对信息化的需求层次低，信息化布局投入成本大，导致盈利空间狭窄，目前还不值得看重。

有业内人士算了一笔账：医疗机构要实现信息化最低需要配置3台电脑，1台服务器，1套医院信息化系统，再加上一些外设设备，以及架网布线上宽带，一期投入至少得十几万元，如果再加上人员培训以及后期的运行维护，费用更多。

基层医院认为信息化投入巨大，回收期较长，不值得投入；而IT服务商认为农村市场需求层次较低，盈利空间狭窄，也不值得看重。“从医院到厂商的积极性都不高，作为主管部门也只能在旁边‘光吆喝’。”安徽省医院管理协会信息部的一位专家感慨。

刘洪则对信息化在基层医疗的运用前景和趋势“保持乐观”。

以新农合政策的推动为例，2006年，卫生部就专门发文，对和新农村合作医疗相关的信息系统的建设进行了规划。在这份文件中，强调了新型农村合作医疗信息系统是专门用于新农合业务管理的计算机管理信息系统，对新农合制度的建立和完善具有重要意义。要求2到3年内在各级新农合管理部门、经办机构、定点医疗机构以及其他相关部门间建立计算机网络连接，实现网上在线审核结算、实时监控和信息汇总，实现新农合业务管理的数字化、信息化、科学化，提高新农合工作效率和服务水平。

“在新医改框架中，虽然缺乏对农村医疗信息化的描述，但可以看出新医改方案推出后，卫生行业信息化的重点项目将从前两年建设比较快的公共卫生转移到农村卫生和社区卫生方面。”卫生部统计信息中心副主任王才有说。