2009年5月，为积极配合深化医药卫生体制改革，推进以健康档案为核心的区域卫生信息化建设，卫生部办公厅印发了《基于健康档案的区域卫生信息平台建设指南(试行)》。

2009年7月，卫生部印发了《电子病历基本架构与数据标准(征求意见稿)》(下称《意见》)。《意见》表示，建立电子病历是为保证健康档案“数出有源”，以实现医疗过程监管，须记录医疗机构历次就诊所发生的医疗费用摘要信息等内容，从而解决居民“看病难、看病贵”等问题。

《意见》首先明确，电子病历是医疗机构对门诊、住院患者(或保健对象)临床诊疗和指导干预的、数字化的医疗服务工作记录，是居民个人在医疗机构历次就诊过程中产生和被记录的完整、详细的临床信息资源。现阶段的首要目的是满足区域范围医疗卫生机构之间的临床信息交换和共享需要，实现以健康档案和电子病历为基础的区域卫生协同。

《意见》要求，电子病历的主要内容应包括: 病历概要、门(急)诊病历记录、住院病历记录、健康体检记录、转诊记录、法定医学证明及报告、医疗机构信息等七个业务域的活动记录。其中，病例概要中须记录医疗费用方面的相关信息。

《意见》指出，电子病历是以居民个人为主线，将居民个人在医疗机构中的历次就诊时间、就诊原因、针对性的医疗服务活动以及所记录的相关信息有机地关联起来，并对所记录的海量信息进行科学分类和抽象描述。记录内容的主要来源是医疗机构在为患者(或保健对象)提供临床诊疗和指导干预过程中产生的各类医疗服务工作记录(称之为业务活动记录)，主要包括17类、62项。

2009年8月，卫生部信息化工作领导小组办公室发出征集 “基于电子病历的医院信息系统建设方案”的函，并要求在此基础形成《基于电子病历的医院信息系统建设指南》。

2009年9月，卫生部发布《电子病历基本规范(征求意见稿)》，明确指出，医疗机构应用Word、WPS等文字处理软件编辑、打印病历，这都不属于真正意义上的电子病历。建立电子病历系统的意义在于它能够支持医疗费用分类查询、临床路径应用、单病种质量控制、药物收费占总收入比例等医疗质量管理与控制指标的统计，是提高医院管理水平的一种途径。

2009年12月，卫生部发文通知，开始启用国家卫生数据字典与元数据管理系统(试用)。

2009年12月，卫生部推出《卫生系统电子认证服务管理办法(试行)》，以此规范卫生系统电子认证服务体系建设，满足卫生信息系统在身份认证、授权管理、责任认定等方面的信息安全需求。

2009年12月，卫生部、国家中医药管理局印发《电子病历基本架构与数据标准(试行)》，开始全面推进以医院管理和电子病历为重点的医院信息化建设。该文件中明确定义了电子病历的基本概念: “电子病历是由医疗机构以电子化方式创建、保存和使用的，重点针对门诊、住院患者(或保健对象)临床诊疗和指导干预信息的数据集成系统。是居民个人在医疗机构历次就诊过程中产生和被记录的完整、详细的临床信息资源。”