2006年8月17日，工作小组召开第一次会议。明确了第一阶段工作将分为管理和运行机制、卫生投入机制、医疗保障体制和药品市场监管四个专题研究组开展工作。

2006年9月26日，工作小组在国家发展改革委官方网站主页上开通“我为医改建言献策”栏目，并公布了热线电话，听取社会各界对医改的意见和建议。

2007年3月23日，为借助外脑，集思广益，提高医药卫生体制改革方案决策的科学性和可操作性，工作小组委托世界银行、世界卫生组织、国务院发展研究中心、北京大学、复旦大学、麦肯锡（中国）公司和北京师范大学等7家国内外机构开展“中国医药卫生体制改革总体思路和框架设计”的独立平行研究。

2007年9月28日，工作小组办公室召开会议，讨论修改《关于深化医药卫生体制改革的总体方案（征求意见稿）》。

2007年11月30日，马凯约请高强、谢旭人等就基层医疗卫生机构的投入机制、公立医院的运行机制、政府卫生投入占财政总支出的比重等医改方案中仍存在分歧的几个问题进行协商，基本达成一致意见。

2008年1月14日、15日，时任国务院副总理吴仪两次主持座谈会，分别听取全国人大教科文卫委员会和全国政协教科文卫体委员会部分委员对工作小组关于深化医药卫生体制改革指导意见的建议意见。

2008年2月29日，国务院常务会议听取工作小组关于医改方案的汇报，根据与会国务院领导的意见，对医改方案进行进一步修改，形成了《关于深化医药卫生体制改革的意见（征求意见稿）》。

2008年4月11日和15日，温家宝总理在中南海两次主持召开医改工作座谈会，就医改征求意见稿听取医务工作者、专家学者、药品生产和流通企业负责人、教师、城镇居民、农民、农民工等群众代表的意见和建议。

2008年9月10日，温家宝总理主持召开国务院常务会议审议并原则通过了《关于深化医药卫生体制改革的意见（征求意见稿）》，并决定公开向社会征求意见。

2009年1月21日，国务院常务会议再次审议并原则通过了《关于深化医药卫生体制改革的意见》和《2009~2011年深化医药卫生体制改革实施方案》。