卫生部在《关于落实2009年医改任务做好农村卫生服务有关工作的通知》中指出：为落实医改任务，到2009年底，以省（区、市）为单位，建立健康档案的农业人口数不低于本省（区、市）农业人口数的5%。可优先为老年人、孕产妇、儿童、残疾人、慢性病人等重点人群建立健康档案。各地要制定健康档案建立、使用、管理等方面的工作制度。参照卫生部印发的《健康档案基本架构与数据标准（试行）》（卫办发〔2009〕46号）等有关文件制定农村居民健康档案技术规范。

卫生部鼓励有条件的地方高标准、高起点开展工作，率先建立电子化的健康档案，为今后信息资源共享和医疗卫生机构间互联互通打下基础。