《国家基本药物目录管理办法（暂行）》明确指出，国家基本药物实行动态管理，原则上每3年调整一次。

我国专门成立了国家基本药物工作委员会，负责协调解决制定和实施国家基本药物制度过程中各个环节的相关政策问题，确定国家基本药物制度框架，确定国家基本药物目录遴选和调整的原则、范围、程序和工作方案，审核国家基本药物目录。这一委员会由卫生部、国家发展和改革委员会、工业和信息化部、监察部、财政部、人力资源和社会保障部、商务部、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局组成。

根据管理办法，必要时，经国家基本药物工作委员会审核同意，国家基本药物目录可适时组织调整。有以下五种情形，药品将从目录中调出：药品标准被取消的；国家药监部门撤销其药品批准证明文件的；发生严重不良反应的；根据药物经济学评价，可被风险效益比或成本效益比更优的品种所替代的；以及国家基本药物工作委员会认为应当调出的其他情形。